L'actuel axe de recherche du Laboratoire International de Recherche Associée est l'étude de microorganismes des aliments fermentés traditionnels aux nouveaux aliments, de la valorisation biotechnologique des sous-produits agricoles et des questions de sécurité microbiologique. Une dimension importante est la compréhension des fonctions des microorganismes rencontrés dans les aliments fermentés traditionnels et la valorisation connexe de souches intéressantes dans une nouvelle fermentation de précision visant à développer des propriétés organoleptiques et à atténuer les faux-goûts, composés antimicrobiens, toxines et pesticides (figure 1). 

La partie valorisation via la biotechnologie microbienne est également importante et les microorganismes sont utilisés pour fermenter, extraire ou améliorer la formulation de déchets agricoles ou alimentaires afin de produire des composés bioactifs ou des aliments nutritifs pour les animaux (Figure 2). Dans cet objectif, les techniques de fermentation et les réacteurs sont également étudiés.